Rodolfo Farlora Zapata

Rodolfo Farlora Zapata

Profesor Auxiliar

Laboratorio de Biotecnología Acuática y Genómica Reproductiva
Unidad de Biología de la Reproducción y del Desarrollo
Instituto de Biología

Centro de Investigación y Gestión de Recursos Naturales (CIGREN)
Facultad de Ciencias
Universidad de Valparaíso

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Información de contacto:

  • Dirección institucional: Avenida Gran Bretaña 1111, Edificio Ex-Anatomía, Playa Ancha, Valparaíso.
  • Teléfono: 56-32-2508200
  • Correo electrónico: rodolfo.farlora@uv.cl

Líneas de Investigación:

Mi interés se centra en el estudio de la reproducción, desarrollo y genómica de peces e invertebrados marinos, así como sus aplicaciones biotecnológicas en cultivos marinos para su propagación, conservación y manejo. Dentro de éste ámbito, me he desempeñado principalmente en tres líneas de investigación:

Bases moleculares de la reproducción en el piojo de mar Caligus rogercresseyi: Los piojos de mar corresponden a copépodos ectoparásitos comunmente asociados a peces en cultivo y en estado salvaje. La expansión del cultivo de salmónidos en las últimas décadas ha significado un incremento en el número disponible de huéspedes lo que ha acarreado un aumento explosivo de la abundancia de estos parásitos. Métodos actuales de control están principalmente basados en la aplicación de químicos que pese a su efectividad y facilidad de uso, conllevan problemas ambientales y de resistencia de drogas, lo que limita su aplicabilidad sostenida. En este sentido, el conocimiento de las bases biológicas y moleculares de la reproducción en C. rogercresseyi constituye un área importante para el desarrollo de nuevas herramientas biotecnológicas dirigidas al control y manejo de este ectoparásito. El trabajo en esta especie no-modelo involucra la utilización de tecnologías de secuenciación masiva para el descubrimiento de nuevos marcadores moleculares relacionados con procesos reproductivos, así como la utilización de técnicas de hibridación in situ, inmunohistoquímica y de genómica funcional (RNAi) (proyecto en desarrollo, FONDECYT 11150915: 2015-2018).

Regulación post-transcripcional de la expresión génica en especies de interés acuícola: El reciente descubrimiento de “small RNAs” que no codifican para proteinas, sino que ejercen control sobre RNAs mensajeros (mRNAs) que si lo hacen, ha expuesto un nuevo nivel de regulación sobre el funcionamiento del genoma. Un subgrupo dentro de los “small RNAs” corresponde a los micro-RNAs (miRNAs), que son RNAs endógenos de pequeño tamaño que regulan la expresión de genes a nivel post-transcripcional a través de la represión o clivaje de uno o más mRNAs target. La utilización de nuevas tecnologías de secuenciación masiva (high-throughput sequencing) ha incrementado dramáticamente el descubrimiento de nuevos miRNAs en comparación con métodos tradicionales, permitiendo su detección a bajos niveles de expresión. El conocimiento sobre los miRNAs y sus genes target puede ser utilizado para el desarrollo de nuevos métodos de control de la pubertad en especies de importancia económica como la trucha arcoíris Oncorhynchus mykiss (proyecto postdoctoral, FONDECYT 3130446: 2012-2015). Junto a lo anterior, otras investigaciones en esta línea incluyen el análisis integrado de los perfiles de expresión de miRNAs y mRNAs en músculo esquelético del lenguado chileno Paralichthys adspersus sometido a condiciones de estrés (investigación en curso) y la caracterización de los perfiles de expresión de miRNAs durante la ontogenia del piojo del salmón, ambos trabajos en colaboración con el centro FONDAP 15110027 (INCAR).

-Biología y trasplante de células germinales: Las células germinales o sexuales, a diferencia de las células somáticas que forman parte de los tejidos y órganos del cuerpo, tienen el potencial único de transmitir nuevas combinaciones de información genética, para últimamente generar los individuos de la siguiente generación. El trasplante de células madre germinales se ha convertido en una poderosa herramienta para comprender la biología de las células germinales, corregir la infertilidad masculina, como vehículo para introducir modificaciones genéticas y, recientemente, para la preservación de material genético (vía criopreservación) de individuos con rasgos de interés comercial o bajo amenaza de extinción. Esta técnica ha sido empleada fundamentalmente en roedores, pero se ha extendido progresivamente hacia otros grupos animales. Durante mi doctorado en Japón trabajé en el laboratorio que desarrolló esta técnica por primera vez en peces, usando salmónidos como modelo. Durante ese período desarrollé un sistema de trasplante de células germinales en Tilapia, un pez de agua dulce de interés comercial, usando una línea modificada genéticamente que produce una proteína verde-fluorescente “GFP” (Green Fluorescent Protein), producida durante mi maestría, que es fácilmente detectada en embriones y larvas. Células germinales masculinas de un donante GFP-transgénico son aisladas, concentradas y trasplantadas en larvas de recipientes “normales” (no-transgénicos) de ambos sexos, y luego que los recipientes alcanzan la madurez sexual y son cruzados con individuos “normales” del sexo opuesto, es posible obtener descendencia transgénica (característica única del donante) originada por padres sustitutos no-transgénicos. Interesantemente, debido a la peculiar plasticidad de las células madre germinales masculinas, una vez trasplantadas en recipientes femeninos son capaces de originar células germinales femeninas (ovocitos), mientras que cuando son trasplantadas en recipientes masculinos dan origen a células germinales masculinas (espermatozoides). Aplicaciones para la acuicultura actualmente en desarrollo implican el uso de trasplante inter-especies con peces donantes de gran tamaño y alto precio como el atún de aleta azul, cuyas células germinales pueden ser trasplantadas en individuos de una especie recipiente relacionada de menor tamaño como el estornino (chub mackerel). Esto permitiría la obtención de gametos de atún usando estorninos como reproductores, cuyo menor tamaño permite una reducción considerable de espacio y recursos, frente a los costos de mantención de reproductores de atún, cuyo peso puede superar los 500 kg.

 Áreas de Investigación / Especialidad:

Biotecnología/ Reproducción y Desarrollo de Organismos Acuáticos

Proyectos vigentes:

  • 2015-2018. Investigador principal (PI) FONDECYT 11150915 (Iniciación): Molecular regulation of gonad development and reproductive output in the sea lice Caligus rogercresseyi: functional assessment of target genes and prospects for parasite control. Instituto de Biología, Facultad de Ciencias, Universidad de Valparaíso, Chile.

 Publicaciones seleccionadas (últimos 5 años):

  • Valenzuela-Miranda D, Valenzuela-Muñoz V, Farlora R, Gallardo-Escárate C. 2017. MicroRNA-based transcriptomic responses of Atlantic salmon during infection by the intracellular bacterium Piscirickettsia salmonis. Developmental and Comparative Immunology 77: 287-296. https://doi.org/10.1016/j.dci.2017.08.016
  • Farlora R, Valdebenito-Aguayo F, Valenzuela-Muñoz V, Gallardo-Escárate C. 2017. Hydrogen peroxide treatment modulates the transcription of sex-related genes in the sea lice Caligus rogercresseyi. Journal of Fish Diseases (In press) http://dx.doi.org/10.1111/jfd.12700
  • Gallardo-Escarate C, Valenzuela-Muñoz V, Boltaña S; Nuñez-Acuña G, Valenzuela-Miranda D; Ana Gonçalves AT, Détrée C, Tarifeño-Saldivia E, Farlora R, Roberts S, Putnam H. 2017. The Caligus rogercresseyi miRNome: discovery and transcriptome profiling during the sea lice ontogeny. Agrigene 4: 8-22. http://dx.doi.org/10.1016/j.aggene.2017.03.002
  • Farlora R, Valenzuela-Muñoz V, Chávez-Mardones J and Gallardo-Escárate C. 2016. Aquaporin family genes exhibit developmentally-regulated and host-dependent transcription patterns in the sea louse Caligus rogercresseyi. Gene 585(1): 119-127. http://dx.doi.org/10.1016/j.gene.2016.03.035
  • Farlora R, Valenzuela-Miranda D, Alarcón-Matus P, Gallardo-Escárate C. 2015. Identification of microRNAs associated with sexual maturity in rainbow trout brain and testis through small RNA deep sequencing. Molecular Reproduction and Development 82(9): 651-662. http://dx.doi.org/10.1002/mrd.22499
  • Farlora R, Nuñez-Acuña G, Gallardo-Escárate C. 2015. Prohibitin-2 gene reveals sex-related differences in the salmon louse Caligusrogercresseyi. Gene 564 (1): 73-80. http://dx.doi.org/10.1016/j.gene.2015.03.045
  • Farlora R, Araya-Garay J, Gallardo-Escárate C. 2014. Discovery of sex-related genes through high-throughput transcriptome sequencing from the salmon louse Caligus rogercresseyi. Marine Genomics 15: 85-93. http://dx.doi.org/10.1016/j.margen.2014.02.005
  • Valenzuela-Miranda D, Gallardo-Escárate C, Valenzuela-Muñoz V, Farlora R, Gajardo G. 2014. Sex-dependent transcriptome analysis and single nucleotide polymorphism (SNP) discovery in the brine shrimp Artemia franciscana. Marine Genomics 18 (part B): 151-154. http://dx.doi.org/10.1016/j.margen.2014.10.007
  • Gonçalves AT, Farlora R & Gallardo-Escárate C. 2014. Transcriptome survey of lipid metabolic pathways involved in energy production and ecdysteroids synthesis of the salmon louse Caligus rogercresseyi (Crustacea: Copepoda). Comparative Biochemistry and Physiology B 176: 9-17. http://dx.doi.org/10.1016/j.cbpb.2014.07.002
  • Farlora R, Hattori-Ihara S, Takeuchi Y, Hayashi M, Octavera A, Alimuddin and Yoshizaki G. 2013. Intraperitoneal germ cell transplantation in the Nile tilapia Oreochromis niloticus. Marine Biotechnology. 16(3): 309-320. http://dx.doi.org/10.1007/s10126-013-9551-y
  • Aguilar-Espinoza A, Valderrama-Aravena N, Farlora R, De la Cruz FL and Gallardo-Escárate C. 2013. Development of novel polymorphic EST-SSR markers in Californian abalone Haliotis rufescens and genetic analysis in wild and hatchery-bred populations. Aquaculture Research 45(12): 1942-1952. http://dx.doi.org/10.1111/are.12141

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